S'estimant trahi par l'OSS, le plus célébre des Spy Kids, Juni Cortez, a démissioné. Pourtant, lorsque le garçon apprend que sa soeur, Carmen, est en danger, il n'hésite pas à courir à son secours. Pour avoir tenté de percer le diabolique secret d'un jeu didéo qui capture l'esprit de ceux qui perdent, la jeune fille en est restée prisonnière...